波士顿学院神学专业课程兼具结构性和灵活性。专业课程是神学系内外的必修课，必修课和选修课的组合。文理学院以外的学生也可以主修神学。这些课程是在与本科研究主任和学生的神学教职顾问协商后设计的。主修神学的学生必须在两个方向之间进行选择：标准神学专业或荣誉神学专业。
波士顿学院神学核心课程
神学的核心要求是六个学时，可以通过多种方式来满足。每种都提供独特的贡献，但是它们共同具有以下共同的目标：
从事对真理和意义的追求，以产生基督教和其他宗教传统的神学见解；
探索塑造基督教神学的基本经文和实践；
了解宗教真理主张与其道德含义之间的动态关系，无论是个人还是社会；
运用神学反思所需的各种学科方法，包括文本，历史，社会和文化分析；和
将神学探究与持久的问题联系起来，这些问题使更广泛的文科传统焕发了活力。
神学的核心要求是六个学时，可以通过以下两种方式之一来满足：
两门三学分课程
2门3学分的课程：1门CT和1门STT
学生必须参加一门基督教神学(CT)课程和一门神圣文本与传统(STT)课程。这些不需要以任何特定的顺序进行，甚至可以在同一学期进行。
波士顿学院神学要求
神学辅修课程包括神学核心要求和五门二级或以上的三学分课程。
