佩珀代因大学热门专业有会计学、表演学、广告学、法律学、工商管理学、行政管理学、宗教学和社会学、生物学、化学、商业管理学、经济学、新闻学、心理学、传播理论、计算机科学、教育学、工程学、影视研究、音乐学、营养学、哲学、物理学、政治学、公共关系学、社会学、体育学和体育医学等。
佩伯代因大学会计
佩伯代因大学会计硕士（Master of Science in Accounting，缩写MSA）是一个为期9-12个月，共需修读30个学分，专为注册会计师（CPA）资格考试做准备的专业硕士项目，要求申请者本科毕业于美国学校，拥有会计专业背景，需递交GMAT/GRE成绩，但并无最低分数要求，无需工作经验。
佩珀代因大学商学院mba项目
佩伯代因大学工商管理（Business Administration）专业研究生阶段设有以下MBA项目，分别是：
全日制MBA（Full-time MBA）根据申请者专业背景不同，设有以下三种课程设置，分别是：
12-Month MBA：属快捷MBA项目，需修读3个学期（trimester），要求申请者本科毕业，拥有商学专业背景，以及3年以上工作经验，无需GMAT/GRE成绩。2016-2017学年，就读整个项目的学费为$71，700
15-Month MBA：属快捷MBA项目，需修读4个学期（trimester），要求申请者本科毕业，拥有非商学专业背景，以及3年以上工作经验，必需GMAT/GRE成绩，无最低分数要求。2016-2017学年，就读整个项目的学费为$95，600
Two-Year MBA：属传统为期2年的MBA项目，需修读5个学期（trimester），含暑期实习，共需修读61个学分，要求申请者本科毕业，不限专业背景，拥有1年以上工作经验，必需GMAT/GRE成绩，无最低分数要求。2016-2017学年，就读整个项目的学费为$95，600
非全日制MBA（Part-time MBA）：该项目包含以下三类课程设置，分别是：
MBA Fast Track Option：MBA快捷课程，为期20个月，共需修读40个学分，要求申请者本科毕业，拥有商学专业背景，以及2年以上相关工作经验，本科商科专业课程GPA3.5以上，GRE阅读161分以上，GRE数学150分以上
MBA Online：MBA远程教育课程
MBA Flex Option：将函授与远程教育相结合的课程形式
国际MBA（International MBA）：为佩伯代因大学与美国以外大学合作开设的MBA项目
高管工商管理硕士（Presidents and Key Executives MBA，缩写：PKE MBA）：为期15个月，要求申请者拥有10年以上工作经验以及1年公司高层管理经验。该项目属非全日制项目，每月一次课程，每次课程为期3天
高级工商管理硕士（Executive MBA，缩写：EMBA）：为期19个月，要求申请者拥有7年以上工作经验，以及2年管理经验。立思辰留学云介绍，该项目属非全日制项目，平均每三周上一次课。
法学博士与工商管理硕士（JD/MBA）：属双学位项目
工商管理硕士与公共政策硕士（MBA/MPP）：属双学位项目
5-Year BS/MBA：属5年制本硕连读项目
