圣约翰学院的前身是建立于1696年的威廉国王学院，当时还是一所预科学校。1784年，学院正式成为获准成为大学本科学院。从1937年开始，学校一直沿用一种独特的教学制度，称作“伟大著作”（Great Books）制度。这个制度规定，学校的教学必须建立在对西方伟大的哲学和文学著作的讨论之上。1964年，圣约翰学院的圣塔菲校区正式成立。
圣约翰学院优势专业
圣约翰学院优势专业有：哲学、文学、历史、经济学。
圣约翰学院古典学
在圣塔菲校区，有一个被称作M.A.E.C（Master of Arts in Eastern Classics）的学习项目为学生提供东方古典学文学学士学位。这个项目时长三学期，必须在12个月时间修完。这个项目建立的原因是，学校意识到把三个主要的东方学术代表（印度，中国和日本）夹杂在一大群西方学者中并不能满足‘巨作’教学的初衷。于是，在这个东方古典学项目中，学生将被要求阅读印、中、日三个国家完整成套的哲学、宗教和文学著作。因此，学生学习中国文化不仅仅要阅读孔子、老子和庄子，还要附加孟子、荀子、韩非子和墨子，同样的还有司马迁的《史记》以及《左传》，后来的新儒家思想、朱熹，古典小说如《西游记》、《三国演义》，还有李白、杜甫和王维的诗歌。然而这些仅仅是整个书单的三分之一，余下的还包括印度教的主要教义和分支教义，南传佛教、大乘佛教和禅宗佛教的发展，以及《摩呵婆罗多》《沙恭达罗》《源氏物语》《奥之细道》这样的文学名作。同时，学生还要从梵语和汉语文言文中选择一门语言进行学习。
圣约翰学院托勒密石
立思辰留学云介绍，圣约翰学院的两个校区各有一座“托勒密石”，也就是天文学家托勒密发明的一种天文观测装置。这个装置是用来观测天体（特指太阳）的高度的。圣约翰的托勒密石是户外的一座长方形的棱柱圆台配合一个可移动的日晷。这件仪器也就是六分仪的前身。大学一二年级学生将在数学课上使用这个装置来计算太阳在黄道上的运动。学校的托勒密石强化了数学和实验科学与现实的联系以及学生动手研究自然的经历。
