约翰·霍普金斯大学的研究活动极其活跃。
作为一所注重研究的学校，霍普金斯大学对培养学生的分析和理解能力十分重视。不同于众多的美国研究型大学，霍普金斯大学在本科三年级阶段就要求学生选择课题，从事研究工作。所有理、工、文、商科学生都被强烈鼓励参加科研项目，让学生较早就接触、了解和掌握前沿学科的最新动态。约80%的本科生在校四年期间从事过至少一项独立研究，并且很多时候是与该领域的顶尖研究者合作。
为了确保学生有机会参与不同学科的研究项目，霍普金斯大学采取了两条有力的措施。一、把各学科的班级控制在不超过50名学生的范围之内，为师生的交流，为老师指导学生提供足够的便利。在师生人数比例1：6的情况下，霍普金斯大学有足够的一流教授在课堂上和实验室里与学生一起探讨问题，一起寻求真理。二、是充分利用霍普金斯大学的学术威望和校友关系，为学生争取在著名实验室、医院、公司和政府机构的科研和实习机会，使他们尽早了解现实世界对他们的期望所在，同时又为学生们发挥潜能创造理想的条件。霍普金斯大学的工学院、医学院、公共卫生学院、商学院，以及国际关系学院的学生在这方面尤其受益。
巴尔的摩校区医学院部分
与其他注重抽象性理论研究的大学不同，霍普金斯大学的研究侧重于应用性研究。在霍普金斯大学的各个学科领域，教授和学者们都无一例外地强调知识的实用价值。心理学、人类学和文化研究的教授们借助各自的学科知识，告诉学生这些知识对认识自己、互相沟通、促进了解的重要作用；工程学、医学、计算机科学的教授们则在他们各自相关学科领域，向学生传授掌握技术知识的实际本领，帮助他们到这个竞争激烈的社会里去拼搏；国际问题和经济问题专家们通过现实世界中的种种实例，让学生明白，世界上的许多争端和矛盾可以假借政治学家和经济学家的智慧和经验得到妥善的解决。由于理论知识和实际运用相结合，学生们在霍普金斯大学学到的东西相当实在，真正达到了“经世致用”的目的。
基于这一原因，霍普金斯大学对自己颁发给学生的学位证书感到极为自豪，认为霍普金斯大学的学位证书“含金量”很高，标志着学生在掌握实际本领上取得了相当程度的成绩。而一代又一代霍普金斯的毕业生们，则用他们在霍普金斯大学学到的知识、受到的训练和养成的习惯作为起点，在各自的新岗位上发挥才能，成为美国各个重要领域里的杰出人物。
据统计，霍普金斯大学的本科毕业生中，近三分之二进入研究生院或是考入医学和法律等专业学院继续深造。这一比例在全美大学中属最高之列。
