医学院
霍普金斯医学院
约翰·霍普金斯大学医学院（JHU Medicine）成立于1893年，作为美国卫生部投资最多的单位，其开展了几乎所有基础科学及医学方面的研究和创新工作。
一个多世纪以来，霍普金斯被公认为在医疗、科研及教学方面处于世界领先地位。它拥有卓越的医学科研人员、医生、护士、技师、各种临床专科的专家、志愿者等2万5千余人。此外，它还拥有一所医学院、三所附属医院，和一些为本地、国内以及国外病人服务的延伸项目。
这所忙碌的医学集团的中心是拥有1039张床位的约翰·霍普金斯医院，有近2000名医生，他们同时又是医学院的教研人员，从事研究工作。还有3300名护士以及2600名实习生、住院医生、医学生、研究生和博士后在协助他们开展工作。
120年前，霍普金斯就具备了国际合作的传统。如今在霍普金斯国际组的支持下，约翰·霍普金斯医学组参与了多项国际性投资项目。其中，最主要的就是与新加坡政府和新加坡国立大学合作的新加坡—约翰·霍普金斯项目，至今已开展了4年。它是在巴尔的摩以外，第一家按照约翰·霍普金斯模式建立的集教学、科研和医疗于一身的机构，项目的重点是肿瘤及其他本地健康问题的研究。
霍普金斯国际组还利用其教职人员的知识与经验，为世界范围内的医疗卫生组织提供咨询：与全世界的同道们分享知识，不断创新，为人类创造一个更加健康的未来。
公共卫生学院
约翰·霍普金斯大学布隆伯格公共卫生学院（Bloomberg），1916年由洛克菲勒基金会出资建立。最初名为“公共健康与卫生学院”。2001年为表彰资助者、校友迈克尔·布隆伯格而改今名。布隆伯格学院是全世界公共卫生与健康科学、政策和管理领域规模最大、历史最悠久的高等学府，在美国政府及世界卫生组织拥有重大影响力。
布隆伯格学院素有公共卫生领域的哈佛商学院之称，其旗舰项目公共卫生管理硕士可与任何医疗健康管理方向的顶尖MBA媲美。学院每年的经费投入高达三亿美元以上，超过全美前20所公共卫生学院其余19所开支的总和，研究项目遍布全球160多个国家和地区。
从创建至今，布隆伯格学院为美国和全世界输送了无数顶尖的科学家和公共卫生管理人才，包括多位美国卫生部部长、美国总统顾问及数十位美国国家科学院院士。
工程学院
怀廷工程学院
约翰·霍普金斯大学怀廷工程学院（Whiting）起步于1913年，于1919年作为独立学院创建，至1937年时，已经培养了超过1,000名拥有工程学位的学生。1961年，工程学院更名为霍普金斯工程科学学院，并在1966年并入霍普金斯艺术与科学学院。直到1979年，工程学院再次形成独立的学术分支，更名为怀廷工程学院。
怀廷学院的许多院系在美国都受到广泛认可，包括常年处于全美顶尖排名的生物医学工程系及环境与环境卫生工程系。怀廷学院机械工程系以其在力学及流体动力学领域中的根本性及历史性的贡献为人所知。虽然院系规模极小（2013年仅有16位教授），但一大批杰出的科学家都在此工作过，其中包括北京大学工学院院长陈十一等。许多流体力学领域里程碑式的论文（尤其是湍流研究）都是在Corrsin风洞实验室中完成的，该风洞直到今天还在运行。
怀廷学院的著名校友包括：纽约市市长、彭博新闻社创始人迈克尔·布隆伯格、美国自由媒体集团董事长约翰·马龙等（自由媒体集团是世界六大媒体集团之一，它是美国在线和时代华纳公司最大的股东，也是仅次于默多克的新闻集团的第二大股东）。
国际关系学院
保罗·尼采高级国际研究学院
约翰·霍普金斯大学尼采高级国际研究学院（SAIS）成立于1943年，总部设在美国首都华盛顿特区，并在意大利博洛尼亚，和中国南京（中美文化研究中心）有分校园，是世界公认的顶级国际关系研究生院之一，专门从事国际事务、政治、经济、金融、外交、政策和教育等领域的研究，是美国政府、及全美各大国际机构，包括世界银行集团、国际货币基金组织等最大的人才输送基地。
尼采学院也是政治辩论的主要中心，曾担任多个重要的政治学家和经济学家的基地，包括政治经济学者弗朗西斯·福山，前国家安全顾问兹比格涅夫·布热津斯基，前美国国务院顾问艾略特科恩等。学院主校区位于马萨诸塞大街的使馆区，与世界一流智库布鲁金斯学会、卡内基国际和平基金会仅隔一条马路，并与全球发展中心、彼得森国际经济研究所等为邻。
在国际关系及政治经济、外交事务领域中，权威排名信息一般参见美国《外交政策》杂志于2005年开始的排名。SAIS 连年被《外交政策》杂志评为全美排名第一或第二的国际关系研究生院，与哈佛大学肯尼迪政府学院齐名。六十多年来，学校培养的学生总数已达 15000 名，其中大使超过130名，服务于全世界140 个国家和地区，影响力震慑全球。
商学院
凯瑞商学院
约翰·霍普金斯大学开瑞商学院（Carey）的前身为1909年创立的商业与教育专业研究学院（SPSBE），是全美最早开设商业研究生教育的机构之一。2002年，投资银行家及慈善家威廉·凯瑞提议捐赠5000万美元予霍普金斯大学以成立一个独立的商学院，但该提议被霍普金斯大学董事会以微弱票数否决。2006年，大学董事会经再次投票通过，决定将SPSBE分为两个新的学院：开瑞商学院和教育学院，两学院于2007年正式成立。
开瑞商学院已经得到超过1.5亿美元的捐助。总部在2010年迁入巴尔的摩全新的金融中心，并在华盛顿特区和马里兰州哥伦比亚市设有教学区。首任院长Yash Gupta于2008年履新。Gupta曾担任华盛顿大学商学院和南加州大学商学院院长，并身兼AACSB（国际精英商学院协会）董事会成员。学院的口号是：习商道于此，存仁德于心（Where business is taught with humanity in mind.），更加强调人文因素对商业社会的影响，很好地与其他商学院区别开来。
开瑞商学院定位为研究型学院，其教学及科研项目既涵盖如企业管理、市场营销、金融、信息系统等传统商学院科目，也包括如医疗管理、生物工程等霍普金斯的优势学科。2010年，开瑞商学院推出的全球MBA项目被福布斯杂志评为全美十大商学院创新项目。
音乐学院
约翰·霍普金斯大学皮博迪音乐学院（Peabody）始建于1857年，由慈善家乔治·皮博迪（美国19世纪著名银行家，摩根财团的创始人）资助创立，是美国第一个也是最负盛名的音乐学院之一，1977年并入霍普金斯大学。皮博迪学院的宗旨是：致力于以艺术家带动并提高人们精神世界的追求。从此，该院集中力量培训各个年龄及教育程度的音乐家，调动并挖掘音乐潜力，使他们得到艺术上的提升。皮博迪音乐学院因此也成为马里兰州文化艺术生活的领导者。
最杰出的校友包括：格莱美奖获得者、钢琴家Andre Watts，格莱美奖获得者、声乐家James Morris，大都会歌剧院的Richard Cassilly，普利策奖、格莱美奖获得者Dominick Argento等。
专业设置：室内音乐、作曲、指挥与合奏、人文、爵士乐、音乐教育、音乐学、风琴与古典键盘、钢琴、弦乐器、音乐理论、声乐、木管/铜管/打击乐器、电脑音乐、录音、声乐艺术指导、吉他。
应用物理实验室
约翰·霍普金斯大学应用物理实验室（简称APL）成立于1942年，是美国马里兰州霍华德郡的一个非营利大学附属研究中心，员工4500人。
该实验室是美国的国防合约商之一，是美国国防部、美国国家航空航天局等美国政府机关的技术提供单位。
应用物理实验室是霍普金斯大学的一个技术研究和开发单位，而不是学术单位。霍普金斯大学怀廷工学院的在职研究生工程专业课程在巴尔的摩－华盛顿大都会区的七个地点开课，其中也包含了应用物理实验室的教育中心。小行星132524命名为APL表示对应用物理实验室的尊敬。
