约翰·霍普金斯大学在美国及世界高等教育发展史中做出了许多开创性的贡献。开办于1878年的霍普金斯大学出版社（JHU Press）是美国现今仍然运作的历史最悠久的大学出版社。1889年，大学建立了全美最早的护理学院之一。霍普金斯医学院是美国第一所开展研究生教育的医学院，成为日后许多医学教育机构效仿的对象。1909年，大学首倡成人教育。1916年，大学创办全美第一所公共卫生学院。
1942年，应用物理实验室（APL）成为美国国防部主要合同商。20世纪五、六十年代，米尔顿·艾森豪威尔担任校长期间，霍普金斯获得了高速的发展。十年间，大学的总收入增长了三倍，捐赠额翻番。1950年和1977年，尼采高级国际研究学院（SAIS）和皮博迪音乐学院（Peabody）先后并入霍普金斯。大学进行了雄心勃勃的扩建计划，并且与首都华盛顿建立了进一步紧密联系。1986年，霍普金斯大学成为第一所在中国设立正式学术中心的美国大学。
据统计在2011年，霍普金斯大学从美国国家科学基金会（NSF)、美国国立卫生研究院（NIH）、美国国家航空航天局（NASA）和美国国防部（DOD）获得超过18亿美元的科研经费。至此霍普金斯大学连续33年成为全美年科研经费最高的大学。截止至2011年，共有超过150名美国国家科学院、美国国家工程院、美国国家医学院、美国艺术与科学院院士就职于霍普金斯大学，共有8位科研人员获得美国国家科学奖章，2位总统自由勋章获得者，2位普利策奖获得者。
